La organización territorial del partido se estructura en los ámbitos regional, provincial, insular o local y, potestativamente, en los de nivel comarcales y de distrito, salvo en el caso de Navarra, donde el partido mantuvo, desde 1990, un acuerdo de coalición con Unión del Pueblo Navarro (UPN).
La organización del partido en el exterior se estructura de acuerdo a las particularidades y nivel de afiliación en cada país.
El gobierno de las organizaciones territoriales del partido se lleva a cabo mediante órganos colegiados (los Congresos, las Juntas Directivas y los Comités Ejecutivos) y unipersonales (el Presidente y el Secretario). Los órganos especializados del Partido son los Comités Electorales y los Comités de Derechos y Garantías. Los órganos consultivos sectoriales son el Consejo de Política Exterior y el Consejo Autonómico.
La Convención Nacional se constituye como órgano consultivo entre Congresos.
Los Congresos
Los Congresos son los órganos soberanos del Partido en cada ámbito territorial. Pueden ser ordinarios, que se celebran cada tres años, o extraordinarios, como consecuencia de situaciones de esta naturaleza.
16 Congreso Popular 
Las Juntas Directivas
Las Juntas Directivas son el máximo órgano de dirección del partido entre Congresos. Se reúnen, ordinariamente, al menos una vez cada cuatro meses.
Los Comités Ejecutivos
Los Comités Ejecutivos son los órganos de gobierno y administración del partido entre Congresos en sus diferentes niveles territoriales.
Ver Comité Ejecutivo Nacional La Convención
La Convención es un órgano de naturaleza consultiva, cuya convocatoria corresponde al Presidente y que evalúa cada año las políticas que él mismo desarrolla y debate las resoluciones que proponga el Comité Ejecutivo o la Junta Directiva. La Convención podrá ofrecer orientaciones, sugerencias y hacer balance de las políticas del partido.
Convención 2006 Presidencia
Presidente Fundador
El Presidente Fundador del Partido Popular es Manuel Fraga Iribarne, que ostenta funciones de representación. Preside, cuando asiste, la reunión de sus órganos colegiados, es miembro nato del Comité Ejecutivo Nacional y ejerce las funciones que en él delegue el Presidente o el Comité Ejecutivo Nacional. Su nombramiento fue acordado por el X Congreso celebrado en Sevilla en 1990.
Presidente de Honor
A propuesta del Presidente Nacional, el Congreso Nacional, reunido en sesión plenaria, podrá nombrar Presidente de Honor a quien, habiendo ostentado la Presidencia Nacional del Partido, hayan contribuido de forma determinante al fortalecimiento de nuestro proyecto político. Los Presidentes de Honor serán miembros natos del Comité Ejecutivo Nacional y ejercerán cuantas funciones delegue en ellos el Presidente Nacional.
El XV Congreso Nacional acordó nombrar Presidente de Honor a José María Aznar López.
Presidente
El Presidente es el máximo responsable del Partido en cada uno de sus ámbitos territoriales en relación con los cuales ejerce sus facultades. En caso de urgente necesidad puede asumir las competencias de los Órganos colegiados que estime necesarias y proporcionadas para la solución de la emergencia de que se trate, con carácter temporal, hasta la reunión del Comité Ejecutivo o la Junta Directiva correspondiente, a los que dará cuenta a efectos de control y eventual ratificación de las medidas adoptadas.
En el XV Congreso Nacional, el Presidente electo fue Mariano Rajoy Brey.
Secretaría General
El Secretario General es nombrado por el Comité Ejecutivo a propuesta del Presidente y de entre los miembros elegidos para este órgano por el Congreso.
La Secretaria General del partido es María Dolores de Cospedal García.
Comités Electorales
Son órganos competentes para los asuntos relativos a la elaboración de candidaturas electorales. Se constituyen con carácter nacional, regional, provincial, insular y local. Están compuestos por un Presidente, por un Secretario y seis Vocales nombrados por el correspondiente Comité Ejecutivo, así como por un Vocal de Nuevas Generaciones designado por el Comité Ejecutivo de esta organización.
El Presidente del Comité Electoral Nacional es Miguel Arias Cañete.
Comités de Derechos y Garantías
Son órganos encargados de garantizar el ejercicio de los derechos de los afiliados, instruir y resolver los procedimientos disciplinarios que en el orden interno se sigan contra afiliados del Partido y aplicar, en su caso, el régimen sancionador derivado de los Estatutos. Se constituyen con competencia nacional y regional.
El Presidente del Comité de Derechos y Garantías en el ámbito nacional es Alfonso Fernández Mañueco.
Consejo Autonómico
Es el órgano consultivo del partido en materia de política territorial. Está integrado por los presidentes de las Comunidades Autónomas gobernadas por el Partido Popular y presidido por el Presidente Nacional.
Consejo de Política Exterior
Es el órgano consultivo encargado de orientar los criterios básicos de la política exterior del partido.
